清  代

清顺治二年（一六四五年），天童寺住持、一代高僧、临济宗第三十一世道忞禅师应邀出任五磊寺住持。顺治三年（一六四六），道忞禅师率徒达变、拙岩到寺，僧尼善信，闻名云集。每逢讲经弘法，聆经受法者聚辄千人。一时间，五磊寺香烟如云，信众如潮，佛事兴旺，成为临济宗著名丛林。

清顺治四年（一六四七年），五磊寺达变禅师，在窑房山建普同塔，计三顶三塘，上盖瓦房，并函请道忞禅师题额曰“寝息诸缘”。同期，建砖窑于普同塔旁，专为寺院修建烧制砖瓦。今存遗址，沿称“窑台”。

顺治六年（一六四九年），达变禅师圆寂，五磊寺由拙岩法师接任住持，二十馀年间，撤旧创新，百废俱举，寺院扩大，佛事兴旺。     

自顺治六年至康熙十年二十馀年间，共修葺、扩建、重建殿堂楼寮一百四十余间，使寺院规模恢宏，造型庄严，吸引四方善男信女，一时间香火鼎盛，佛事兴旺，五磊寺遂成为浙东名刹，十方丛林。

康熙年间，洪昆编成《五磊寺志》计十卷，手抄本。为五磊寺第一部寺志，记载了五磊寺的兴衰历史。浙江省图书馆及宁波伏跗室藏有残本。

雍正以后，逐渐排佛，佛殿屡毁于兵火。咸丰三年（一八五三年），大殿及其两侧建筑，尽毁于火。同治、光绪两朝，政局动荡，战火频起，佛事渐衰。后鸣鹤场金仙寺住持炳瑞法师兼主五磊寺务，始稍有起色。

宣统三年（一九一一年），天台宗四十三世法嗣谛闲法师莅寺主持讲席，弘扬天台宗教义，改寺额为“灵山讲寺”，五磊寺遂转为天台宗道场。